Банкир был задержан 31 мая 2019 года в аэропорту "Внуково" при попытке улететь в Грузию. По версии следствия, Попов - одна из центральных фигур «тоазовского» организованного преступного сообщества, которое расхищало имущество «Тольяттиазота». Ему предъявили обвинение в организации и участии в преступном сообществе (ст. 210 УК), мошенничестве (ст. 159 УК) и неуплате налогов (ст. 199 УК). Так, в 2008 году две подконтрольных участникам преступного сообщества компании недоплатили налоги в бюджет на сумму не менее 320 млн руб. Тогда же у «Тольяттиазота» похитили комплекс по производству метанола вместе с земельным участком, на котором он располагался.
В процессе расследования этих дел 24 января 2020 года в отношении Александра Попова было возбуждено еще одно уголовное дело - по ч. 3 статьи 30 и ч. 5 статьи 291 УК РФ (покушение на дачу взятки в особо крупном размере). Помимо Попова, обвиняемыми по делу являются владелец Тольяттихимбанка и основной акционер ПАО «Тольяттиазот» Сергей Махлай, а также бывший начальник службы безопасности ТОАЗа Олег Антошин. По версии следствия, подозреваемые пытались дать взятку судьям Верховного суда (ВС) РФ в размере 1,2 миллиона долларов за отмену решения о взыскании с ТОАЗа недоплаченных налогов.
Как считает следствие, Попов лично выбирал посредников в передаче взятки судьям, а также организовал процедуру обналичивания и закладки денег в банковскую ячейку. Однако завершить дело Попову не удалось по независящим он него причинам.
31 мая 2019 года Попова заключили под стражу. 28 января 2020 года Басманный районный суд города Москвы продлевает Попову арест до 1 мая 2020 года.
13 марта 2020 года Мосгорсуд рассмотрел апелляцию на продление ареста. Председательствующая судья Людмила Смолкина открыла заседание без участия обвиняемого, поскольку тот не захотел в нем участвовать. После оглашения явки, обстоятельств дела и исследования доказательств Смолкина дала слово адвокатам обвиняемого Олегу Кононенко и Мураду Мусаеву.
Представители Попова заявили суду, что их подзащитный не собирался скрываться, никаких преступных группировок не возглавлял и в них не участвовал, а содержание в СИЗО они расценили как чрезмерно строгую меру. Представители настаивали на изменении меры, будь то домашний арест или залог любой суммы.
Далее Смолкина предоставила слово представителю потерпевшего «Уралхима» Андрею Ермизину, который выступил против изменения срока пресечения, посчитав, что Попов может оказать влияние на свидетелей и помешать следствию.
Следователь Михаил Туманов и сотрудник прокуратуры Елена Мещерякова поддержали позицию Ермизина и были категорически против изменения меры пресечения. По их словам, в ходе следствия было установлено, как Попов уничтожал доказательства по делу и оказывал воздействие на свидетелей.
Судья, выслушав стороны, постановила не удовлетворять жалобу Попова, посчитав заключение под стражу обоснованной и законной мерой.
После заседания следователь Туманов дал комментарий «Право.ру». По его словам, защитники предоставляли неточные данные, а кроме того, обвиняемый отказывается сотрудничать со следствием. «При таких обстоятельствах иная мера пресечения не представляется возможной».
Ранее следствие отмечало, что Попов вовлекал в реализацию преступных схем множество юридических и физических лиц, главным образом - своих подчиненных, зависимых от него в силу служебных отношений. Принимая постановление о продлении ареста Попову, суд согласился с доводами следствия о том, что, находясь на свободе, обвиняемый может скрыться, уничтожить доказательства, продолжить заниматься преступной деятельностью, оказать давление на свидетелей и иным образом препятствовать расследованию.