Уже вторая передача дела Пономарева на более высокий уровень внутри СКР может свидетельствовать о значимости рассматриваемого дела и затронутых государственных интересов. Изначально делом Пономарева занималось территориальное подразделение СКР по городу Москве. В ноябре 2017 года дело было передано на федеральный уровень – в Центральный аппарат СКР РФ.
Главное управление по особо важным делам СКР РФ было создано по распоряжению Президента РФ Путина в 2015 году. Оно специализируется на самых сложных делах – преступлениях против интересов и безопасности страны. В состав управления входят наиболее опытные следователи, зарекомендовавшие себя на раскрытиях резонансных и громких дел. Практически полностью управление состоит из старших следователей в генеральских знаниях, поэтому в СМИ подразделение называют «Элитой российского следствия». Фактически передача уголовного дела означает, что его будут лично курировать глава Управления (генерал-майор юстиции Игорь Краснов)» и сам Александр Бастрыкин.
Управление занималось расследованием таких громких дел, как убийство Бориса Немцова, теракт на борту самолета над Синайским полуостровом в 2015 году, теракт в метро Санкт-Петербурга в апреле 2017 года, рейдерские захваты предприятий преступной группировкой Вячеслава Гайзера, убийство адвоката Станислава Маркелова и журналистки Анастасии Бабуровой, дела «белгородского стрелка» Сергея Помазуна и участников «Боевой организации русских националистов», хищения при строительстве космодрома Восточный. Сейчас в ведении следователей по особо важным делам находятся дела о крушении Ан-148 в Раменском районе Подмосковья, о массовом расстреле в Кизляре прихожан местного храма и сотрудников полиции, о превышении полномочий при выделении земли мэром Махачкалы Мусой Мусаевым.
Пономарева арестовали 9 июня 2017 года. Следствие считает, что он мошенническим способом пытался похитить деньги госкорпорации "Кубаньэнерго", которая якобы взяла в аренду и не вернула принадлежащие Пономареву дизельные генераторы. Но довести свой умысел до конца Пономарев не смог, поскольку делом заинтересовались сотрудники правоохранительных органов.
Летом 2016 года Пономарев добился в Краснинском райсуде Смоленской области удовлетворения иска (дело № 2-459/2016) к компании "Кубаньэнерго". Он говорил о том, что еще в 2012 году передал 71 дизельный электрогенератор на хранение компании "Стар Энерго", однако госкомпания об этом ничего не знала. В 2014 году, во время энергетической блокады Крыма, та передала электростанции в аренду "НТТ-Конструкции" без права субаренды, если на то не получено согласие Пономарева, о чем также было неизвестно госкомпании. Однако путем изменения договоров аренды и подписания актов приемки-передачи оборудование в итоге попало к "Кубаньэнерго" (входит в структуру "Россетей"), а от нее к ОАО "Мобильные ГТЭС", которое и передало генераторы правительству Крыма в качестве резервных источников электроснабжения. Пономарев требовал признать ничтожным договор аренды электростанций, оформленный актом приема-передачи с "Кубаньэнерго", и вернуть ему оборудование стоимостью в несколько сотен миллионов руб., за аренду которого попытался получить 5 млрд руб. Представители энергокомпании настаивали на том, что генераторы она не арендовала, а просто перевозила. Несмотря на это, председатель райсуда Ирина Цуцкова иск удовлетворила, позже это решение устояло в апелляции.
Судья Цуцкова принимала решения в пользу Пономарева и по другим резонансным спорам – в частности, в деле с IKEA о взыскании 507 млн руб. неустойки за невыкуп дизельных генераторов у компании "Рукон" при наличии вступившего в законную силу решения суда о том, что обязательство выкупать генераторы у IKEA перед "Рукон" отсутствовало. Отличилась Цуцкова и в споре Пономарева с ФНС, отказав налоговикам в возможности начислить более 4,5 млрд НДФЛ (см. ниже). Позже ее решения отменяли вышестоящие инстанции, в адрес судьи направлено несколько частных определений, в том числе из Верховного суда. А за нарушения, предположительно допущенные при рассмотрении дела IKEA, Цуцкову и ее коллег из Смоленского облсуда в марте этого года привлекли к дисциплинарной ответственности (см. "Смоленских судей, участвовавших в деле IKEA, привлекли к ответственности"), после чего судья ушла в отставку.
Помимо этого, следствие считает, что Пономарев не задекларировал и не уплатил налоги на сумму более 4,7 млрд руб. с компенсации, полученной от компании IKEA. Вменяют ему и ряд преступлений против правосудия: фальсификацию доказательств, заведомо ложный донос и подкуп свидетелей. Так, например, при рассмотрении дела о клевете (см. "IKEA добилась изменения постановления мирового судьи, "пересмотревшей" акты арбитражей") одному из "свидетелей" адвокат Загорский передал $20 000, а выступивший потерпевшим в суде получил $50 000, уверены правоохранители.
Претензии у ФНС к Пономареву возникли по поводу того, что тот не заплатил НДФЛ со своего дохода – 25 млрд руб., полученных от IKEA в 2010 году. Пономарев уверял, что деньги получила одна из его структур – "Системы автономного энергоснабжения", позже перечислившая экс-аудитору эти средства по договору хранения, а налоговики утверждали, что тот провернул хитрую схему по уходу от налогов; в апреле 2015 года в СКР города Москвы возбудили против экс-аудитора два уголовных дела. Однако в мае оба они были закрыты со ссылкой на решение мирового судьи участка № 210 города Раменское Наталии Богуновой. Рассматривая 26 марта 2015 года заявление некоего С. Исаева, который обвинял Пономарева в клевете, она его оправдала, попутно сделав вывод о незаконности претензий ФНС России. В частности, Богунова указала, что 25 млрд руб., полученные от IKEA, действительно были переданы Пономареву по договору хранения, а значит, их нельзя признать доходом и потребовать уплаты налогов.
Позже действия налоговиков признала незаконными все та же судья Цуцкова из Краснинского райсуда (дело № 2а-648/2015 ~ М-589/2015). Полученную компенсацию "нельзя признать его доходом, потому что денежные средства имеют заемный характер", указала она, опираясь на выводы судьи Богуновой, позже это решение устояло и в апелляции. Однако после того, как налоговикам удалось успешно оспорить акты мирового судьи Богуновой, Президиум Смоленского областного суда отменил акты нижестоящих инстанций. Дело направлено на новое рассмотрение в Тверской районный суд Москвы по месту нахождения ИФНС № 10 (см. "Смоленский облсуд дал шанс ФНС взыскать с Константина Пономарева 4,5 млрд руб.").
В результате в июне прошлого года Пресненский районный суд Москвы заключил под стражу Константина Пономарева по обвинению в совершении преступлений, предусмотренных пятью статьями УК РФ.