У «МН Медикал» было два внешнеторговых контракта от 2018 года с эстонской компанией MN MEDICAL. По нему в Россию ввезли медицинский климатизированный модуль с принадлежностями. Чтобы оформить приобретение, покупатель задекларировал товар в регионе, где действует Московская областная таможня.
Когда товар выпустили, Санкт-Петербургская таможня провела проверку и выяснила, что российская компания неправомерно заявила о льготе по уплате НДС. Таможенный орган вынес решения о том, чтобы внести изменения в декларации на товары. Тогда Шереметьевская таможня направила «МН Медикал» уведомления, по которым организации доначислили 76,6 млн руб. платежей. Компания подала в суд на таможенные органы. Она хотела, чтобы решения признали недействительными, а уведомления — незаконными (дело № А41-25502/2021).
Три инстанции встали на сторону «МН Медикал». Суды пришли к выводу, что не было оснований применять льготы по уплате таможенных платежей. Но акты властей признали незаконными, потому что компания работает в Москве и ввоз товаров по декларации оформила в регионе Московской областной таможни. Суды отметили, что у Санкт-Петербургской таможни не было полномочий проверять «МН Медикал» и принимать решения об изменении в декларациях. Эти выводы таможенные органы обжаловали в Верховном суде.
Податели жалобы указали, что таможенную проверку проводит орган государства-члена, где зарегистрировано или постоянно проживает проверяемое лицо. Других ограничений в отношении проверок по региональному принципу в актах права ЕАЭС и таможенном законодательстве России нет. Еще суды не исследовали вопрос, нарушила ли Санкт-Петербургская таможня права компании, когда проводила проверку. Шереметьевская таможня в своей жалобе обратила внимание, что в судебных актах не обосновали незаконность уведомлений о доплате таможенных платежей.
31 августа экономколлегия изучила спор о таможенных платежах. Суд указал, что Санкт-Петербургская таможня имела право проводить проверку после выпуска товаров (Приказ ФТС России от 28.04.2021 № 1783). Проводить проверки только в отношении компаний из своего региона можно на этапе, когда товары пересекают таможенную границу, то есть до их выпуска из страны. А после никаких ограничений нет. СКЭС отменила акты нижестоящих судов и отказала в иске.