Антимонопольное дело против НМТП было возбуждено прошлым летом – этому предшествовал мониторинг цен на услуги по погрузке и выгрузке грузов в морских портах России (подробнее – в материале "Новороссийский порт намерен судиться с ФАС из-за взыскания дохода от монополии"). В ФАС пришли к выводу, что за счет завышения тарифов Новороссийскому порту удалось удвоить прибыль за 2015 год, а рентабельность увеличить сразу в пять раз. По мнению регулятора, нарушения можно было обойти, если бы тарифы определялись не в долларах, а в рублях. В апреле 2017 года антимонопольная служба предписала Новороссийскому порту выплатить в доход бюджета 9,74 млрд руб.
НМТП обжаловал решение ФАС в Арбитражном суде города Москвы, а третьими лицами были заявлены, в частности, "Роснефть" и РЖД. Судья Ольга Сизова встала на сторону заявителей, отметив, что антимонопольщики необоснованно сократили географические границы рынка с границ Азово-Черноморского бассейна до границ порта Новороссийск, результатом чего стало искусственное и необоснованное сокращение границ рынка. Кроме того, суд пришел к выводу о необоснованности решения ФАС относительно завышения тарифов, так как цены на услуги порта за это время не менялись.
Антимонопольная служба обжаловала это решение, но безуспешно – как апелляция, так и кассация отказались пересматривать судебный акт.