Девятый арбитражный апелляционный суд отложил на 1 декабря рассмотрение жалобы Генеральной прокуратуры РФ, Министерства управления финансами Самарской области, МИФНС на решение суда о признании незаконными действия налогового органа и обязании МИФНС произвести зачет ОАО "Самаранефтегаз" за переплату в размере 3,163 миллиарда рублей (переплата сложилась по платежам за пользование недрами и др.). 2 апреля 2009 года АСГМ вынес решение в пользу "Самаранефтегаз", сообщает корреспондент "Право.Ru" Елена Шарпаева.
По ранее поступившей информации, Самарский областной суд 19 мая 2006 года признал виновными в совершении преступления некоторых топ-менеджеров компании и пришел к выводу, что ОАО "Самаранефтегаз" не заплатил отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы и платежи за право на пользование недрами. Ущерб от неуплаты денег в бюджет оценивался в 3,6 миллиарда рублей. Однако, по заявлениям компании, "Самаранефтегаз" в счет добровольной доплаты за 1999-2000 годы перечислила в бюджет денежные средства в сумме 3,644 миллиарда рублей, что не было учтено судами.
Кроме того, решением Арбитражного суда Самарской области от 17 ноября 2008 году отказано Министерству управления финансами Самарской области о взыскании вреда с ОАО "Самаранефтегаз", установленного приговором Самарского областного суда от 19 мая 2006 года, в связи с тем, что вред со стороны компании уже возмещен путем добровольной оплаты налоговых платежей в размере 3,6 миллиарда рублей.
ОАО "Самаранефтегаз" — крупнейшее нефтегазодобывающее предприятие "Роснефти" на территории Самарской области и второе по объему добычи, после Юганскнефтегаза. "Самаранефтегаз" было создано в мае 1994 года путем преобразование в акционерное общество производственного объединения "Куйбышевнефть". НК "Роснефть" приобрела ОАО "Самаранефтегаз" на аукционе в мае 2007 года.