Сумму ущерба «СУ-9» оценивало в 886 млн руб. Истец утверждал, что выполнил для заказчика работы, финансирование которых осуществлялось в рамках целевой программы правительства России. В ходе выполнения заказа изменились сроки финансирования работ, из-за чего увеличилась и длительность работ. Соответствующие изменения были отражены в дополнительном соглашении к контракту.
Заказчик работы по договору выполнил, но при этом посчитал, что изменение сроков их исполнения причинило ему убытки в виде реального ущерба и упущенной выгоды. Рассмотрение дела в Арбитражном суде Новосибирской области длилось два года, производство по нему несколько раз приостанавливалось в связи с проведением экспертизы для определения суммы убытков (дело № А45-14886/2017).
4 сентября 2019 года судья Сергей Зюзин полностью отказал «СУ-9» в удовлетворении иска. В настоящее время причины отказа неизвестны, так как судебный акт еще не опубликован в картотеке арбитражных дел.
Это не первый спор «СУ-9» с НГУ и министерством. В ноябре 2016 года подрядчик потребовал с заказчиков 400 млн руб. за выполнение работ, которых не были предусмотрены контрактом (дело № А45-22643/2016). Тогда суд первой инстанции удовлетворил требования истца, но затем апелляция отменила это решение, а кассация с постановление нижестоящей инстанции согласилась.
В 2015 году СУ-9 построила для НГУ новый главный корпус. Стоимость работ составила 4 млрд руб. В июне 2018 года СУ-9 было признано банкротом. Как сообщал «Коммерсант», застройщик не скрывал, что надеется рассчитаться с кредиторами за счет взыскания с НГУ и Минобрнауки 1,2 млрд руб. по дополнительным соглашениям. В строительном управлении считали, что ответчики специально затягивают процесс, чтобы дождаться введения конкурсного производства в отношении застройщика и снятия руководителя компании.