26 сентября 2008 года в суде рассматривалось ходатайство представителя Следственного комитета при прокуратуре РФ по Саратовской области о продлении обвиняемому срока содержания под стражей. Суд посчитал позицию следствия обоснованной и продлил срок содержания Аксененко в СИЗО до 5 декабря 2008 года.
Бывшему градоначальнику вменяется в вину незаконная передача в собственность двух земельных участков в центре города, общая площадь участков составляет 0,5407 гектара,. Кроме того, Аксененко обвиняют в том, что в период с 25 августа 1999 года по 25 октября 2005 года издал несколько постановлений о предоставлении прав на землю и "незаконно обратил в собственность своей дочери земельный участок, являющийся землей общего пользования, на площади Кирова в Саратове".
Дело против Аксененко возбуждено по части 2 ст. 285 УКРФ ("Использование главой органа местного самоуправления своих служебных полномочий вопреки интересам службы, совершенное из корыстной заинтересованности, повлекшее существенное нарушение прав и законных интересов граждан и организаций, а также охраняемых законом интересов государства"). По предъявленной статье обвинения экс-мэру грозит уголовная ответственность в виде лишения свободы на срок до семи лет. Следствие продолжается.
Кроме данного дела, поводом к уголовному преследованию Аксененко стала прокурорская проверка, а также решение арбитражного суда о признании недействительными ряда решений Аксененко по другим земельным участкам в Саратове. Каждая из статей, инкриминируемых в итоге бывшему главе города, предусматривает лишение свободы на срок от семи до 12 лет. Своей вины Аксененко не признает.