Дело было возбуждено по ч. 4 ст. 159 УК (мошенничество в особо крупном размере), проверку начали Следственный комитет, Генеральная прокуратура и Счетная палата. На сохранение памятников в архипелаге запланировано выделить до 2020 года 6 млрд руб., около половины суммы уже потрачено. Проверка была инициирована после письма советника президента по культуре Владимира Толстого. Он указал на ряд нарушений, после чего органы начали проверку. Были изъяты документы в ФГКУ «Центрреставрация» (подведомственно Минкульту) и у подрядчиков «Балтстрой» и «Опрстрой»; первые две организации фигурировали в «деле реставраторов», после которого «Балтстрой» ушел с рынка, а ФГКУ потеряло функции господрядчика по объектам Минкульта. Их работу продолжили Северо-Западная дирекция по строительству, реконструкции и реставрации (СЗД) министерства и «Опрстрой», в компаниях о следственных мероприятиях ничего не рассказали. При этом «Центрреставрация» в арбитраже добилась расторжения контракта с «Опрстроем», а сейчас взыскивает с компании около 20 млн руб., именно такая сумма фигурирует в новом уголовном деле, подано несколько исков, самый крупный на сумму 17,4 млн руб. (дело № А40-244099/2017).
«Дело реставраторов» было связано с реконструкцией в Новодевичьем монастыре в Москве, драмтеатре в Пскове, Иоанно-Предтеченском монастыре, музее в Калуге, в Изборской крепости, усадьбе Асеевых в Тамбове и в крепости Фридриха Великого в Калининграде. Тогда злоумышленники завысили стоимость работ и присвоили деньги.