Лишения Невзлина израильского гражданства в суде добивался известный израильский правозащитник доктор Юлий Нудельман. По его мнению, Невзлин неправомерно получил гражданство Израиля.
В России против Невзлина в июле 2004 г. было возбуждено уголовное дело. В феврале 2008 г. оно было передано в суд для рассмотрения по существу. По версии следствия, в период с 1998 по 2002 гг. членами организованной группы по указанию Невзлина были совершены убийства предпринимательницы Валентины Корнеевой, главы администрации города Нефтеюганска Владимира Петухова, а также водителя Николая Федотова. С 2003 г. Невзлин проживает в Израиле и имеет гражданство этой страны. В связи с невозможностью его экстрадиции суд над ним в России проходит заочно.