Банкира задержали 31 мая 2019 года в аэропорту "Внуково" при попытке улететь в Грузию. По версии следствия, Попов - одна из центральных фигур «тоазовского» организованного преступного сообщества, которое расхищало имущество «Тольяттиазота». Ему предъявили обвинение в организации и участии в преступном сообществе (ст. 210 УК), мошенничестве (ст. 159 УК) и неуплате налогов (ст. 199 УК). Так, в 2008 году две подконтрольных участникам преступного сообщества компании недоплатили налоги в бюджет на сумму не менее 320 млн руб. Тогда же у «Тольяттиазота» похитили комплекс по производству метанола вместе с земельным участком, на котором он располагался.
В процессе расследования этих дел 24 января 2020 года в отношении Попова возбудили еще одно уголовное дело - по ч. 3 статьи 30 и ч. 5 статьи 291 УК РФ ("Покушение на дачу взятки в особо крупном размере"). Помимо него, обвиняемыми по делу являются владелец Тольяттихимбанка и основной акционер ПАО «Тольяттиазот» Сергей Махлай, а также бывший начальник службы безопасности ТОАЗа Олег Антошин. По версии следствия, подозреваемые пытались дать взятку судьям Верховного суда в размере $1,2 млн за отмену решения о взыскании с ТОАЗа недоплаченных налогов.
Как считает следствие, Попов лично выбирал посредников в передаче взятки судьям, а также организовал процедуру обналичивания и закладки денег в банковскую ячейку. Но завершить дело Попову не удалось по независящим он него причинам.
31 мая 2019 года Попова заключили под стражу. 28 января 2020 года Басманный районный суд Москвы продлил Попову арест до 1 мая 2020 года. Московский городской суд признал такое решение законным. А накануне и Второй кассационный суд общей юрисдикции подтвердил позицию нижестоящих инстанций по аресту обвиняемого.
Кроме того, 6 августа 2020 года Басманный райсуд продлил Попову эту меру пресечения по делу о покушении на дачу взятки. По словам следователя СКР Михаила Туманова, который расследует преступление, банкира оставили в СИЗО, как минимум до 12 ноября 2020 года.