Счетная палата обнаружила нарушения в работе Федеральной таможенной службы и региональных таможен. Аудиторы проанализировали работу ведомств с 2016 года по настоящее время. По данным Счетной палаты, таможенные органы за 2016 год проиграли 61% (9 052) судебных дел на сумму 9,4 млрд руб.
Иски к таможенным органам в основном связаны с неправильно указанной таможенной стоимостью товаров. Федеральный бюджет потерял из-за этого 727,5 млн руб. Дальневосточное таможенное управление в 2016 году получило исков больше прочих таможенных органов ─ почти половину (46,4%, или 6 898 дел). При этом большинство (83,7%) суд решил в пользу истцов.
Кроме этого, таможни часто запаздывали с требованиями об уплате таможенных платежей и пени. Счетная палата нашла 33 таких нарушения в работе Московской областной таможни, Балтийской и Дагестанской таможен. Брянская таможня запоздала с проверкой сроков временного ввоза у 56 автомобилей.
Контролирующий орган выявил недостатки и в программе, которой пользуются таможенники ─ АПС «Задолженность». Система ведет учет задолженности и мер по взысканию долгов. При этом в программе разработчики не предусмотрели возможность автоматически подгружать изменения, внесенные в декларации на товары через другие программы. Также в систему не вносили решения по результатам таможенного контроля в отношении временно ввезенного автомобиля для личного пользования. Эти функции позволили бы исключить запоздалые требования по уплате таможенных платежей. Кроме этого, АПС могла бы автоматически создавать акт о нарушении сроков временного ввоза и самостоятельно рассчитывать платежи, что разработчики не предусмотрели.
Выявленные недостатки в АПС «Задолженность» планируют устранить до конца года. Общий отчет об итогах аудита таможенных органов Счетная палата направила в Правительство, парламент и Федеральную таможенную службу.