Решение о наказании за неуважение приняла судья Юлия Сафина 22 февраля. Эскерханов оскорбил одного из следователей. Во время слушания в Московском окружном военном суде обвиняемый назвал следователя «шестеркой» и использовал другие нецензурные слова.
Эскерханова приговорили к 14 годам строгого режима. Гособвинитель просил добавить еще 2 месяца к сроку за неуважение к суду. По словам защиты Эскерханова, лингвистическая экспертиза не признала слово «шестерка» оскорбительным. В итоге суд назначил 240 часов обязательных работ.
В июне 2017 года коллегия присяжных 10 из 12 голосов решила, что Заур Дадаев, братья Губашевы, Темирлан Эскерханов и Хамзат Бахаев виновны в убийстве Бориса Немцова и не заслуживают снисхождения. Присяжные решили, что Заур Дадаев лично стрелял в Бориса Немцова, а также организовал за ним слежку и вел переговоры. Братья Губашевы следили за политиком и видели его убийство. Темирлан Эскерханов помог сообщникам уехать из Москвы после преступления, Хамзат Бахаев нашел им квартиру в Подмосковье.