В марте Изместьеву было предъявлено обвинение в организации покушения на убийство и терроризме. Изместьев обвиняется в четырех убийствах, в даче взятки, а также в покушении на убийство.
По словам защитника Сергея Антонова, бывшему сенатору предъявлены те же пункты обвинения, которые вменялись и ранее. По его словам, следствие собирается засекретить уголовное дело, так как в материалах есть документы с грифом "секретно" о прослушивании телефонных переговоров. Адвокат также сообщил, что, скорее всего, Изместьев и его защита будут просить о рассмотрении уголовного дела судом присяжных.
Генпрокуратура обвиняет Изместьева в организации убийства директора по производству Новоуфимского нефтеперерабатывающего завода Салавата Гайнанова и главного бухгалтера "Башнефтехимторга" Валерия Сперанского. Ранее экс-сенатору инкриминировали организацию убийства в 2001г. московского нотариуса Галины Перепелкиной и покушения в 2000г. на предпринимателя Орлова. Изместьев также обвинялся в покушении на убийство сына президента Башкирии Урала Рахимова.
Экс-сенатор был задержан в середине января 2007г. в аэропорту Бишкека, этапирован в Москву и содержится в следственном изоляторе Лефортово.