Законопроектом в положения АПК, определяющие полномочия и статус ВАС, а также полномочия Президиума и Пленума ВАС, вносятся изменения, направленные на передачу соответствующих полномочий новому Верховному суду РФ, Пленуму и Президиуму ВС РФ.
Часть положений Кодекса признается утратившими силу. Это положения, касающиеся производства в суде надзорной инстанции, в качестве которой выступал ВАС.
Также признаются утратившими силу положения АПК, касающиеся подведомственности арбитражным судам дел об оспаривании нормативных правовых актов. Соответствующие категории дел из подведомственности арбитражных судов исключаются.
АПК дополняется положениями, регулирующими порядок кассационного и надзорного производства в Верховном суде РФ. При этом в качестве кассационной и надзорной инстанций выступают соответственно Коллегия по экономическим спорам Верховного суда РФ и Президиум Верховного суда РФ. В частности, в этих целях глава 35 АПК, получившая название "Производство в суде кассационной инстанции", дополняется статьями 291.1–2911.5.