Антимонопольное дело против НМТП возбудили летом 2017 года. Этому предшествовал мониторинг цен на услуги по погрузке и выгрузке грузов в морских портах России. В ФАС пришли к выводу, что за счет завышения тарифов Новороссийскому порту удалось удвоить прибыль за 2015 год, а рентабельность увеличить сразу в пять раз. По мнению регулятора, нарушения можно было обойти, если бы тарифы определялись не в долларах, а в рублях. В апреле 2017 года антимонопольная служба предписала порту выплатить в доход бюджета 9,74 млрд руб.
НМТП обжаловал решение ФАС в АСГМ. В частности, третьими лицами были заявлены «Роснефть» и РЖД. Судья Ольга Сизова встала на сторону заявителей, отметив, что антимонопольщики необоснованно сократили географические границы рынка с границ Азово-Черноморского бассейна до границ порта Новороссийск, результатом чего стало искусственное и необоснованное сокращение границ рынка. Кроме того, суд пришел к выводу о необоснованности выводов ФАС относительно завышения тарифов, так как цены на услуги порта за это время не менялись.
Результаты спора неоднократно обжаловались, и в итоге дело дошло до Президиума Верховного суда, который в декабре 2018 года подтвердил неправоту антимонопольной службы. «В отсутствие анализа сопоставимых рынков, а также при нарушении порядка проведения анализа состояния конкуренции на товарном рынке выводы ФАС о нарушении обществом «Новороссийский морской торговый порт» антимонопольного законодательства не могут считаться законными и обоснованными», – говорится в постановлении Президиума, который признал правильность решения АСГМ (дело № А40-75556/2017).