По договору от 2015 года «Трансаэро» перевозила пассажиров с Дальнего Востока, а сумма субсидий, которые должна была заплатить Росавиация, превысила 1 млрд руб. При этом компании заплатили только 363 млн руб. Росавиация отказалась выплатить компании оставшуюся сумму и заявила, что у «Трансаэро» были долги по налогам и другим платежам в бюджет. Остаток суммы перевозчик решил взыскать через суд. На первом круге рассмотрения суды решили, что многомиллионная задолженность компании перед ПФР нарушает условия получения субсидии.
Изменить ход дела помогла жалоба в Верховный суд, где «Трансаэро» удалось доказать, что жалоба носит компенсационный характер. В итоге коллегия по экономическим спорам ВС отменила все решения предыдущих инстанций, а дело направила на новое рассмотрение, по итогам которого авиакомпании удалось взыскать с Росавиации 663,9 млн руб. (дело № А40-10250/2016).
