Девятый арбитражный апелляционный суд частично удовлетворил иск Британского совета и признал недействительным доначисление налогов в размере около 130 миллионов рублей за 2004-2006 годы. Британский совет оспаривал решение межрайонной инспекции ФНС №47 по Москве.
Решение суда первой инстанции по данному делу было отменено 25 декабря 2008 года в связи с тем, что судебный акт не был подписан секретарем судебного заседания. Решение первой инстанции удовлетворить иск о незаконном доначислении налогов суд отменил 25 декабря 2008 года по причине отсутствия в протоколе заседания московского арбитража по данному делу подписи секретаря суда, что противоречит Арбитражному процессуальному кодексу. Юрист Британского совета, отвечая в суде на вопрос, почему столь квалифицированные юристы не заметили такую грубую процессуальную ошибку, сказал, что "материалы рассматривались его помощниками".
Иск Британского совета к межрегиональной инспекции ФНС номер 47 о признании недействительным решения от 21 января 2008 года о взыскании налоговой задолженности был подан 16 мая. Штаб-квартира получила квитанцию об уплате налогов, составленную по итогам работы Британского совета в России в период с 2004 по 2006 годы. Эта квитанция стала результатом проверки налоговой инспекции, проведенной в 2007 году. ФНС потребовала от совета выплатить 230 миллионов рублей налоговых доначислений за занижение, по мнению службы, базы по налогу на прибыль и перечисление большей части доходов в посольство Великобритании в РФ. Британский совет, несмотря на несогласие с частью налоговых претензий, предъявленных московскому офису этой организации российскими властями, требуемую сумму выплатил. Однако, после этого, организация подала иск в суд, хотя считает это дело не выходящим за рамки обычных отношений между организациями и налоговой службой. В арбитражном суде Москвы адвокаты организации настаивали, что налоги начислены в 2004-2006 годах незаконно, так как московское представительство не имеет в штате персонала и привлекает сотрудников английского посольства, что и позволяет занижать базу по налогу на прибыль. Арбитражный суд в октябре частично удовлетворил иск Британского совета, снизив претензии на 100 миллионов рублей.
