В соответствии с Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 15 августа 1985 года и на основании Решения исполнительного комитета Алтайского краевого совета народных депутатов от 21 августа 1985 года № 241 в Алтайском крае за счет территорий Павловского и Тюменцевского районов был образован Шелаболихинский район.

 С образованием Шелаболихинского района с 17 января 1986 года на территории района начал свою работу Шелаболихинский районный народный суд отдела юстиции Алтайского крайисполкома. Распоряжением администрации Алтайского крайисполкома от 21.01.1992 г. № 74р отдел юстиции Алтайского крайисполкома был преобразован в Управление юстиции администрации Алтайского края, и соответственно, с 21 января 1992 года Шелаболихинский суд именовался как Шелаболихинский районный народный суд Управления юстиции администрации Алтайского края.

В июне 1992 года в связи с введением в действие Закона РФ «О статусе судей РФ», на основании которого судьи стали назначаться Президентом, районные народные суды были переименованы в районные суды. Таким образом, суд получил наименование Шелаболихинский районный суд Управления юстиции администрации Алтайского края, которое носил вплоть до 1996 года. 27 марта 1997 года Распоряжением № 325р администрации Алтайского края Управление юстиции администрации Алтайского края было преобразовано в Управление юстиции Алтайского края, и с этого момента и до 1999 года Шелаболихинский суд именовался как Шелаболихинский районный суд Управления юстиции Алтайского края.

В соответствии с Федеральным законом «О судебном департаменте при Верховном суде РФ» от 08.01.1998 г. № 7 суды были переданы в Управление Судебного департамента при Верховном суде РФ, и на основании данного Закона на Алтае было образовано Управление Судебного департамента при Верховном суде РФ в Алтайском крае. Таким образом, с 12 января 1999 года Шелаболихинский суд именуется как Шелаболихинский районный суд Управления Судебного департамента при Верховном суде РФ в Алтайском крае.

В соответствии со статьей 4 Федерального конституционного закона от 31 декабря 1996 г. N 1-ФКЗ "О судебной системе Российской Федерации", районные суды относятся к судам системы федеральных судов общей юрисдикции, являясь судами низшего уровня.

В качестве суда первой инстанции районный суд рассматривает все гражданские и уголовные дела, за исключением дел, подсудных вышестоящим судам и мировым судьям, а также административные дела, подсудные районным  судам, дела о восстановлении на работе. Районным судам, в частности, подсудны административные дела о правонарушениях, влекущих  за  собой административное  наказание,  которое  вправе  назначить только судья, производство по которым  осуществляется  в форме административного  расследования;  дела,  влекущие административное выдворение  за   пределы   РФ;   дела, переданные в  суд  органами  и  должностными  лицами, к которым дело поступило.

В соответствии со статьей 21 1-ФКЗ, районный суд является непосредственно вышестоящей судебной инстанцией по отношению к мировым судьям, действующим на территории соответствующего судебного района, он рассматривает апелляционные жалобы на решения мировых судей, не вступившие в законную силу.