Арбитражный суд Томской области относится к первому уровню системы арбитражных судов. Данный суд в соответствии со статьей З6 федерального конституционного закона от 28 апреля 1995 г.   1-ФКЗ "Об арбитражных судах в Российской Федерации": рассматривает в первой инстанции все дела, подведомственные арбитражным судам в Российской Федерации, за исключением дел, отнесенных к компетенции Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации; пересматривает по вновь открывшимся обстоятельствам принятые им и вступившие в законную силу судебные акты; обращается в Конституционный Суд Российской Федерации с запросом о проверке конституционности закона, примененного или подлежащего применению в деле, рассматриваемом им в любой инстанции;изучает и обобщает судебную практику;подготавливает предложения по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов;анализирует судебную статистику.

Президиум арбитражного суда Томской области действует в составе председателя  суда, его заместителей, председателей судебных составов и судей. Утверждает по представлению председателя суда членов судебных коллегий и председателей судебных составов этого суда; рассматривает вопросы судебной практики и организации работы суда.

В Арбитражный суд Томской области входят коллегия по рассмотрению споров, возникающих из административных правоотношений и коллегия по рассмотрению споров, возникающих из гражданских и иных правоотношений. Судебные коллегии рассматривают в первой инстанции все дела, подведомственные арбитражным судам в Российской Федерации, за исключением дел, отнесенных к компетенции Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, изучают и обобщают судебную практику, разрабатывают предложения по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов, анализируют судебную статистику, а также осуществляют иные полномочия, предусмотренные регламентом арбитражных судов.

В составе судебных коллегий образованы пять судебных составов, которые специализируются на рассмотрении дел определенных категорий по первой инстанции. Судебные составы возглавляют председатели судебных составов.