Оргкомитетом по Алтайскому краю в соответствии с приказом Совета народных комиссаров РСФСР было принято постановление №2086 от 11 ноября 1938 года «Об организации 12 судебных участков по Алтайскому краю». В г. Барнауле участки относились к районам города: Центральному, Железнодорожному, Октябрьскому. До 1957 года участки, относящиеся к Центральному району (их было 3), действовали самостоятельно, не объединяясь в единую систему.

24 сентября 1957 года исполком Алтайского краевого совета народных депутатов трудящихся по решению №669 постановил: действующие участковые районные народные суды по Алтайскому краю объединить в районные суды края и г. Барнаула, которые также были разделены на участки, но работающие в единой системе.

Центральный районный суд г. Барнаула составляли суды 1-го и 2-го участков, которые были объединены в 1961 году. До 1957 года судебные органы Центрального района г. Барнаула подчинялись Оргкомитету по Алтайскому краю, затем Исполкому Алтайского краевого Совета депутатов трудящихся. С 1957 года народный суд Центрального района г. Барнаула стал подчиняться краевому суду. С 1971 года суд находился в подчинении отдела юстиции Алтайского крайисполкома.

Центральный районный народный суд г. Барнаула отдела юстиции Алтайского крайисполкома действовал с 4 февраля 1971 года по 21 января 1992 года. Распоряжением администрации Алтайского края от 21 января 1992 года №74р отдел юстиции Алтайского крайисполкома преобразован в Управление юстиции администрации Алтайского края.

После принятия в 1993 году Основного Закона РФ «Конституции Российской Федерации» в названии районных судов Алтайского края произошло изменение- было исключено из названия слово «народный», новое название суда стало — Центральный районный суд г. Барнаула Управления юстиции администрации Алтайского края. Распорядительный документ о переименовании районных судов Алтайского края Управлением юстиции не был издан.

Распоряжением администрации Алтайского края от 27.03.1996 года №325р Управление юстиции администрации Алтайского края переименовано в Управление юстиции Алтайского края. На основании Федерального Закона от 08.01.1998 года №7-ФЗ «О судебном департаменте при Верховном Суде Российской Федерации» образовано Управление Судебного департамента при Верховном Суде РФ в Алтайском крае. Действовать управление начало с 09.07.1998 года. Центральный районный суд г. Барнаула входит в структуру Управления Судебного департамента в Алтайском крае.

В соответствии со статьей 4 Федерального конституционного закона от 31 декабря 1996 г. N 1-ФКЗ "О судебной системе Российской Федерации", районные суды относятся к судам системы федеральных судов общей юрисдикции, являясь судами низшего уровня.

В качестве суда первой инстанции районный суд рассматривает все гражданские и уголовные дела, за исключением дел, подсудных вышестоящим судам и мировым судьям, а также административные дела, подсудные районным  судам, дела о восстановлении на работе. Районным судам, в частности, подсудны административные дела о правонарушениях, влекущих  за  собой административное  наказание,  которое  вправе  назначить только судья, производство по которым  осуществляется  в форме административного  расследования;  дела,  влекущие административное выдворение  за   пределы   РФ;   дела, переданные в  суд  органами  и  должностными  лицами, к которым дело поступило.

В соответствии со статьей 21 1-ФКЗ, районный суд является непосредственно вышестоящей судебной инстанцией по отношению к мировым судьям, действующим на территории соответствующего судебного района, он рассматривает апелляционные жалобы на решения мировых судей, не вступившие в законную силу.