Пущинский городской суд был образован  в марте 1990 года решением исполкома Мособлсовета №422/14.  Первым председателем суда был Козлов Василий Алиакбярович. Суд располагался по адресу: микрорайон «Г» дом 32, в жилом доме.

С 1994 года по настоящее время председателем суда является Глазкова Татьяна Григорьевна.  В 07.06.2001 года суд переезжает в новое двухэтажное здание, расположенное по адресу: улица Грузовая дом 2 /1. С 01 июля 2002 года Пущинский городской суд является трехсоставным.

В соответствии со статьей 4 Федерального конституционного закона от 31 декабря 1996 г. N 1-ФКЗ "О судебной системе Российской Федерации", районные суды относятся к судам системы федеральных судов общей юрисдикции, являясь судами низшего уровня.

В качестве суда первой инстанции районный суд рассматривает все гражданские и уголовные дела, за исключением дел, подсудных вышестоящим судам и мировым судьям, а также административные дела, подсудные районным  судам, дела о восстановлении на работе. Районным судам, в частности, подсудны административные дела о правонарушениях, влекущих  за  собой административное  наказание,  которое  вправе  назначить только судья, производство по которым  осуществляется  в форме административного  расследования;  дела,  влекущие административное выдворение  за   пределы   РФ;   дела, переданные в  суд  органами  и  должностными  лицами, к которым дело поступило.

В соответствии со статьей 21 1-ФКЗ, районный суд является непосредственно вышестоящей судебной инстанцией по отношению к мировым судьям, действующим на территории соответствующего судебного района, он рассматривает апелляционные жалобы на решения мировых судей, не вступившие в законную силу.