Первые упоминания об особых судах для торгового сословия встречаются в уставной грамоте новгородского князя Всеволода Мстиславовича и относятся к 1135 году. Через пятьсот двадцать лет были учреждены особые таможенные суды, состоявшие из «лучших торговых людей».

Дальнейшее развитие началось при великом преобразователе страны Петре I. В 1699 году в Москве учреждается бурмистерская палата, в 1719 создается Коммерц-Коллегия, которая ведает торговыми и вексельными делами, а в четвертом департаменте Сената, высшей апелляционной инстанции по торговым делам четко прослеживаются черты Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации.

В 1832 году появилось Общее положение об учреждении коммерческих судов в России, и эта судебная система стала предшественницей нынешней системы арбитражных судов. Главной особенностью коммерческих судов, как отмечали в то время, являлось стремление «к возможно скорому разрешению дел».
 Октябрьская революция отменила эти суды: они оказались не нужны, споры между советскими организациями, учреждениями и предприятиями можно было решить в административном порядке.

21 сентября 1922 года утверждено  Положение о порядке разрешения имущественных споров между государственными учреждениями и предприятиями, 3 мая 1931 года появилось Положение о Государственном арбитраже, а после принятия Конституции СССР 1977 года арбитраж был признан Конституционным органом.

Таким образом, по своему существу,  система государственного арбитража практически стала органом управления и вмешательства исполнительной власти в хозяйственную деятельность предприятий, учреждений и организаций, что к суду никакого касательства не имела. Только с созданием рыночных отношений в стране вновь возникла потребность в формировании независимой судебной системы для рассмотрения экономических споров между хозяйствующими субъектами. В июле 1991 года принят закон «Об арбитражном суде» и ряд иных законодательных актов. Сегодня считается, что фактическим временем начала деятельности Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации является апрель 1992 года. 

Датой создания Арбитражного суда Курганской области считают 2 апреля 1992 года. В этот день Верховный Совет Российской Федерации избрал главного государственного арбитра области Варлакова Владимира Ильича председателем Арбитражного суда Курганской области (Постановление Верховного Совета Российской Федерации № 2642 — 1 от 02.04.1992г.)

С 1.10.2003 приказом Председателя Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 24.09.2003 № 172 кс председателем Арбитражного суда Курганской области назначен Страшков Анатолий Михайлович. Сейчас в Арбитражном суде Курганской области под его руководством  работает более 100 человек. В арбитражных судах разрешаются споры между хозяйствующими субъектами: организациями различных правовых форм, индивидуальными предпринимателями по вопросам экономической деятельности, а также государственными и муниципальными органами власти в этой сфере. Арбитражный суд Курганской области состоит из двух коллегий: коллегии по рассмотрению споров, возникающих из гражданских и иных правоотношений и коллегии по рассмотрению споров, возникающих из административных правоотношений. Каждая коллегия состоит из двух судебных составов, сформированных с учетом категории споров.

Арбитражный суд Курганской области относится к первому уровню системы арбитражных судов. Данный суд в соответствии со статьей З6 федерального конституционного закона от 28 апреля 1995 г.   1-ФКЗ "Об арбитражных судах в Российской Федерации": рассматривает в первой инстанции все дела, подведомственные арбитражным судам в Российской Федерации, за исключением дел, отнесенных к компетенции Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации; пересматривает по вновь открывшимся обстоятельствам принятые им и вступившие в законную силу судебные акты; обращается в Конституционный Суд Российской Федерации с запросом о проверке конституционности закона, примененного или подлежащего применению в деле, рассматриваемом им в любой инстанции;изучает и обобщает судебную практику;подготавливает предложения по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов;анализирует судебную статистику.

Президиум арбитражного суда Курганской области действует в составе председателя  суда, его заместителей, председателей судебных составов и судей. Утверждает по представлению председателя суда членов судебных коллегий и председателей судебных составов этого суда; рассматривает вопросы судебной практики и организации работы суда.

В Арбитражный суд Курганской области входят коллегия по рассмотрению споров, возникающих из административных правоотношений  и коллегия по рассмотрению споров, возникающих из гражданских и иных правоотношений. Судебные коллегии рассматривают в первой инстанции все дела, подведомственные арбитражным судам в Российской Федерации, за исключением дел, отнесенных к компетенции Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, изучают и обобщают судебную практику, разрабатывают предложения по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов, анализируют судебную статистику, а также осуществляют иные полномочия, предусмотренные регламентом арбитражных судов.

В  судебных коллегиях образованы четыре судебных состава, которые специализируются на рассмотрении дел определенных категорий по первой инстанции. Судебные составы возглавляют председатели судебных составов.