Следственный комитет и прокуратура Татарстана обвинили Юшко в мошенничестве по двум эпизодам, первый из которых связан совмещением должностей. По версии следствия, с 2004 по 2017 год Юшко фиктивно занимал должности заведующего кафедрой, декана факультета в КНИТУ-КХТИ и директора технопарка «Идея». Во втором эпизоде речь идет о завышении цены контракта между вузом и технопарком.
Гособвинение запрашивало для Юшко шесть лет и семь месяцев колонии общего режима и штраф в размере 700 000 руб. в пользу государства. За время следствия экс-ректор в течение года находился под домашним арестом, был отстранен от обязанностей руководителя вуза, на его имущество суд наложил запрет на совершение сделок.
Подсудимый вину не признавал с первого дня, большинство свидетелей со стороны обвинения давали показания в его пользу. Защитниками Юшко на протяжении всего времени следствия выступали московский адвокат Александр Погодин и казанский адвокат коллегии адвокатов «Паритет» Олег Шемаев. По их ходатайствам уголовное дело дважды возвращали на дополнительное следствие. Исследован большой объем документов, подтверждающих невиновность подсудимого, привлечены независимые эксперты для проведения бухгалтерской экспертизы.
В результате спустя почти четыре года суд признал Юшко полностью невиновным по обоим эпизодам за отсутствием состава преступления, признал право на реабилитацию, отменил меру пресечения в виде подписки о невыезде и снял арест с его имущества.