По договору об организации облигационного займа компании "ВЭБ-Лизинг" был выставлен счет-фактура, сумма НДС была отражена в книге покупок и принята к вычету. Но с 1 января 2013 года услуги облигационного займа перестали облагаться НДС. Из-за этих изменений налоговые и суды нижестоящих инстанций пришли к выводу, что налоговые вычеты были применены неправомерно и суммы налога подлежали восстановлению в бюджете в том же периоде.
Налогоплательщик не оспаривал саму необходимость восстановить НДС в бюджете, но подал жалобу в Верховный суд, в которой настаивает: у него нет налоговой недоимки по НДС, поскольку налог был перечислен в бюджет в более позднем периоде, а также были уплачены пени, компенсирующие бюджету недостачу. Это проверила экономколлегия ВС, которая по итогам рассмотрения жалобы отменила решения нижестоящих инстанций и признала недействительным решение налоговиков о доначислении налога (дело № А40-93786/2017).